Den del av Ljusnan som rinner mellan Hede och Svegssjön är en sträcka med varierande vattenmiljöer som sjöar, sel, strömsträckor och kvillområden. Älvens storlek och mångfasetterade miljö är idag relativt ovanlig ur ett nationellt perspektiv. Här återfinns bland annat öring och harr som har fria vandringsvägar till ett antal biflöden, utter och möjligtvis restbestånd av flodpärlmussla.
Älvsträckan är den enda kvarvarande delen av Ljusnans huvudfåra inom Härjedalens kommun som inte är utbyggd för vattenkraft bortsett från det övre källflödet. Vattenområdet karaktäriseras i sin övre del av ett antal större sjöar med mellanliggande strömsträckor. Från Ransjö och nedströms till Svegssjön dominerar ett mer sammanhållet parti av forsar, strömmar och sel. Omgivningarna består till övervägande del av blandskog av gran och tall. Landskapet präglas av vidsträckta sandurfält. Framförallt inom naturreservatet Linsellborren finns betydande skogliga värden. Samhällen och mindre byar möter längs älven via Hede, Hedeviken, Ransjö och Linsell. Arkeologiska lämningar visar att det funnits människor i området sedan istiden. Inom Vikarsjösystemet, med Vikarsjön i norr till Nedre Ransjön i syd, finns en ovanligt stor mängd fornlämningar från äldre stenålder och fram till medeltid. Området klassas som riksintresse för kulturmiljövården.
I flertalet av strömmarna finns vattnet i huvudsak samlat i en huvudfåra. Dit hör bland annat Sandviksströmmen (Vikarsjön-Stavsjön), Näsvallströmmen (Övre- och Nedre Randsjön) och Ransjöforsen. För Linsellborren framträder en annan bild. Där löper huvudfåran parallellt med ett flergrenigt system av mindre strömmar och kvillar. Området är genom sin storskalighet ett ovanligt inslag i landets kvarvarande naturliga älvmiljöer. Linsellborren är tillsammans med den uppströms belägna Ransjöforsen och Sandsforsen nedströms skyddad som naturreservat från år 2001. Ändamålet med reservatet är att ” bevara en oreglerad älvsträcka och dess olika naturtypers ekosystem och naturliga processer samt att bevara dess orörda karaktär i väsentligen orört och ostört tillstånd för framtiden”. Detta skall bland annat tryggas genom att skogen på öarna och kring Linsellborren lämnas för fri utveckling. Längs Ljusnan från Hede till Svegssjön bidrar ett flertal biflöden till en mångfacetterad vattenmiljö. Dit hör bland annat större åar som Rånden och Lofsen. Dessa har sin upprinnelse i svagt buffrade områden och kalkas för att undvika försurningsskador.
Många arter i och längs älven med biflöden ger sin del i ett levande vattensystem. Fiskebeståndet i strömmarna domineras av öring, harr, bergsimpa och elritsa. Sik, gädda, abborre och mört tillkommer mera frekvent i vattendragets lugnare partier samt sjöarna. Biflödena Rånden och Lofsen håller bland annat öring och harr, vilka kan vandra fritt till Ljusnan under lek- och näringsvandringar. Målarten flodpärlmussla (Margaritifera margaritifera) är dokumenterad inom andra delar av Ljusnan, av vilka flertalet strömsträckor i dag är svårt skadade livsmiljöer via vattenkraftutbyggnad. Det kan inte uteslutas att arten fortfarande existerar i små isolerade bestånd i till exempel Linsellborren. Ljusnan erbjuder även en god livsmiljö för däggdjur och fåglar. Bävern har länge haft en livskraftig population i vattensystemet.
De lokala fiskevårdsområdesföreningarna har en av nyckelrollerna i vattenområdet som helhet. Dessa ingår i en förvaltningsstruktur som behövs för att tillgodose behovet av juridisk rättskraft. Samtidigt är de väl avgränsade ur ett fiske- och naturvårdsperspektiv i Ljusnansystemet. Det finns ett stort engagemang i fiske- och allmänna bevarandefrågor i och kring vattnen, samtidigt som vattenresurserna utgör en viktig utvecklingsfaktor i glesbygd. En bra fiskevårdsförvaltning är en förutsättning för bevarande av de typiska arterna för naturtyperna.
Målarten utter (Lutra lutra) har återkoloniserat älven med biflöden under senare år. Strömstaren förekommer året om i strömsträckorna. Som en följd av vattenkraftutbyggnad uppströms i älven är Ljusnan påverkad av en onaturlig flödesregim via Halvfari kraftverk. Ett förhållande som dels ger en omvänd vattenföring över året med högflöden under vintern, dels påverkar dygnsrytmen genom korttidsreglering. Till bilden av mänsklig påverkan i och kring Ljusnan med biflöden skall även läggas att vattendraget påverkats av rensningar under flottningsepoken samt att skogsbruket inverkat på omgivningarna. Verksamheten har orsakat förändrad morfologi och förändrade flödesförhållanden.
